A IBNNI nasceu no ano de 2001 como fruto de um pequeno grupo de irmãos, membros da Igreja Batista Nacional Cristão de Florianópolis, pastoreada na época pelo pastor Rivelino José dos Santos. O grupo se reunia na casa do irmão Beneildo Carlos Azevedo.

Em março de 2001, vendo a firmeza e crescimento do grupo o pastor Rivelino decide juntamente com o conselho da IBNCF dar inicio a Missão Norte da Ilha, tendo como local inicial de reunião a casa do irmão Beneildo e Rosana Azevedo. Nessa época as famílias dos irmãos Altair Lugon e João Batista já se somavam ao grupo.

Em 29 de julho de 2001 o pastor Carlos Humberto Soares (Pr. Mano) juntamente com sua esposa Raquel Soares assume o trabalho da missão Norte da Ilha. Em setembro do mesmo ano o pastor Mano decide transferir o trabalho para o bairro de Canasvieiras, onde haviam alugado uma sala nas instalações do hotel Moçambique, ali é lançada a pedra fundamental da IBNNI.

Durante dois anos a missão se reuniu neste local até que em julho de 2004 a missão é transferida para o salão de uma antiga pizzaria situada na esquina da rua Mario Lacombe com a Apóstolo Paschoal. Quatro meses depois foi transferida para um espaço maior junto ao mercado Poko Preço na Rua Mario Lacombe, local no qual ficou por 11 meses

Em fevereiro de 2005 o pastor Carlos Humberto (Pr. Mano) assume a Igreja Batista Nacional Cristã de Florianópolis IBNCF, passando a missão para as mãos do, então, pastor Joel Ferreira e Anita Ferreira, os quais, pastorearam a igreja por sete anos, tendo como pastores auxiliares os pastores Zery e Nadir, Beneildo e Rosana, bem como o futuro pastor Avelino Rocha Neto e Rita (os quais seriam mais tarde consagrados ao ministério).

Após um período de jejum e oração feito pela igreja, Deus abriu as portas de uma antiga boate chamada Shampoo, localizada na Rua José Rosa 450, a qual veio a se tornar no atual templo da igreja. A pequena missão cresceu e se fortaleceu e em 2007 foi emancipada tornando-se a Igreja Batista Nacional Norte da Ilha.

Em 2012 devido à idade e complicações de saúde do pastor Joel Ferreira sentiu de Deus que era hora de passar o cajado para outro pastor. Em assembleia realizada em novembro de 2012 foi eleito o pastor Antonio Pedroza Vale (Beto) para presidente da mesma.

Em 2016 foi eleito à Presidência da IBNNI o Pastor Valter Monteiro Pessoa e com a sua aposentadoria, neste ano de 2019, é conduzido do cargo de Vice-Presidente ao de Presidente, cumprindo o Estatuto da nossa Igreja, o Pastor Zery Pereira que apoiado por sua esposa, Pastora Nadir Pereira e pelo Conselho e Líderes de Ministério, tem o compromisso de manter a chama missionária acesa e cada vez mais resplandecente, finalizando com o texto bíblico preferido da Pastora Anita em I Timoteo 3:15 … Igreja do Deus vivo, coluna e baluarte da verdade”

“IGREJA” vem do Grego EKKLESIA (eclísia), “assembleia, reunião”, derivado do verbo EKKALEIN, formado por EK-, “fora”, mais KALEIN, “chamar, clamar”.

João 14: 23 Respondeu-lhe Jesus: Se alguém me amar, guardará a minha palavra; e meu Pai o amará, e viremos a ele, e faremos nele morada.
I Coríntios 3: 16 Não sabeis vós que sois santuário de Deus, e que o Espírito de Deus habita em vós?